黑水鸡养殖许可证的办理由农业部门负责。 在申请养殖许可证时，需要向当地农业局或农牧部或农业委员会递交申请，并提供养殖场的规划和设计方案，如养殖场的地理位置、规模、设备设施、环境保护措施等。 农业部门会对申请人提交的材料进行审核，并实地考察养殖场的现场情况。 如果符合相关法律法规和环境保护要求，农业部门会颁发养殖许可证。